Pour faire un diff sur un fichier :

diff -u ancien nouveau > machin.diff

Pour appliquer le diff :

patch ancien machin.diff

Et pour être sûr de ne pas se tromper, à partir d'un zip :

unzip machin.zip
diff machin/machin.php machin-modifié/machin.php > machin.php.diff
rm -R machin
unzip machin.zip
patch machin/machin.php machin.php.diff

Où machin.php est, par exemple, la version "officielle" d'un programme, et l'arborescence :

|
|- /home/moi/
   |
   |- machin-modifié/
   |- machin.php.diff
   |- machin.zip